「第一大願：願我來世，得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相，八十隨形莊嚴其身；令一切有情如我無異」。
在此第一願中藥師琉璃光佛成佛之時以光明而作佛事利益眾生，他成佛時就要令諸眾生身相莊嚴，更要令一切眾生皆悉成佛，如他藥師琉璃光佛沒有差別。
或許有人會問：過去大家都說只有幫助眾生身相莊嚴，沒有說要幫助眾生成佛，怎麼你這樣說呢？
其實諸位如果細心去思考，三十二大丈夫相，八十隨形莊嚴。這些都是佛的莊嚴相，是佛透過多生累劫修習而有，這就是告訴我們藥師琉璃光佛他就是要幫助我們修行諸佛之行。
而我們從法華經的角度來了解，諸佛出於世間就是要幫助眾生成佛，那藥師琉璃光佛又怎麼只會那樣狹隘的只是讓眾生身相莊嚴而已，自然是要讓眾生如他藥師琉璃光佛沒有差別。
更獨特的是藥師琉璃光佛，第一大願就說：他成佛就讓我們成佛，是無條件的。不是還要怎樣慢慢修、慢慢來、而是馬上、當下、你願意去承擔敢說：我也要成佛，藥師琉璃光佛就以願力加持我們成佛。
「第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢；光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業」。
藥師琉璃光佛第二願他要幫助一切墮落在無明深坑、憂惱黑暗、無依無助、最悲慘的角落，這一切眾生佛要幫助他們，得到智能光明、法喜歡樂、法眷依怙、自在安樂。讓他們隨在六道自在無礙，廣行菩薩救苦事業(荷擔如來家業)。
「第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之」。
藥師琉璃光佛第四願他要幫助一切迷失正道、無明顛倒、這一類自己傷害自己又傷害別人，縱然諸佛出現於世間教化亦難化導之邪見惡業眾生。
藥師琉璃光佛都不嫌棄、捨離、放逐、讓他們沉淪生死、永無解脫，反而憐憫特別幫助他們。拔除他們根本惡因緣、根本邪見、根本無明、讓他們安住在成佛的菩提道上。
對於二乘人一但取證二乘空法，經中說：那幾乎是斷除了成佛的種子，而藥師琉璃光佛知到二乘人回心向大是非常困難的，藥師琉璃光佛便要幫助他們都能回小向大，安住在大乘菩提到中。
在這諸位要特別注意，這裡安住菩堤道與大乘都是講安住在成佛的道路上，不是安住在一般的二乘菩提或大乘法而已喔。
在由法華經中提到：諸佛所說法，唯以一乘化，無二亦無三，唯除方便說。
由此比較可以知道藥師琉璃光佛用心良苦，實在是以一乘大法化導眾生，令眾生皆得乘佛願力直入佛地。
「第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒；設有毀犯，聞我名已還得清淨，不墮惡趣！」
藥師琉璃光佛第五願 他要幫助一切眾生在他的教導之下，都能修行圓滿清淨行，
還要讓這些眾生戒行無缺，俱足攝律儀戒、攝善法戒、攝眾生戒、這三個菩薩成佛必備之根本戒行。
假使有不得已而造成毀犯時，藥師琉璃光佛廣大慈悲以稱念其名號，便令其戒體不失，回歸清淨。更不會因犯戒而墮落惡道。
戒為菩提本。戒為三世諸佛母。又大聖(佛陀覺者)度人，功唯在戒。
由此可知戒之重要性，而戒經中毀犯輕戒尚可忏悔復戒，重者不通忏悔，甚至部份戒律一但違犯即破戒體，並且當墮落在惡道。
藥師琉璃光佛此願真是用心良苦，深知末法眾生，於諸戒律最易缺失，特以佛名為救護令諸眾生修戒無後顧之憂，更是成就菩提根本，令生諸佛。
又古律宗大德曾提及中國之戒律代代相傳，可惜早在民國以前早已斷失。縱然受戒亦無實際傳承戒體不成，甚感哀歎。
然而釋尊早已洞察今日之事，早早為說藥師琉璃光佛本願功德，若諸眾生能依持釋尊教導修習藥師法門，以佛願力則戒體自然俱足，何須哀歎。
上訴諸大願皆悉藥師琉璃光佛廣大無盡願力，皆是成就菩提，速得成佛之大殊勝圓滿。直入佛地，一實真道。
由於篇幅已相當大不容多做介紹，其余諸願略以一言概括之，皆是諸佛廣大利益眾生所行，非是一般所謂權巧方便而已，余下諸行皆是從如來地，大菩薩地，所行無盡利生事業。是以藥師經中釋尊言此藥師琉璃光佛本願功德修法，是諸佛甚深所行。
結語：
藥師琉璃光佛之偉大殊勝在於以諸佛之行持，而顯最平易近人之幫助，徹底幫助眾生而達到令諸眾生皆悉成佛，的甚深境界。
又以佛地成就，善用於諸法，成就諸眾生，此是諸佛、大菩薩.之所行持。正如佛經般若大智能：空而不空，不空而空。空中能顯真妙有，妙有之中不離空。是為不二法。
而更重要的藥師琉璃光佛是一個最實際的實法，佛法利益眾生才是根本，若不能利益眾生，那佛也沒有辦法成佛。而對眾生最根的的就是生活，生活都不能過談修行，說往生，談什麼實教權教那都是虛幻無任何利益的。
如同眾生若餓的奄奄一息，卻有人叫他念佛求往生。那真是顛倒無智能，就算要他念佛也得先給他溫飽力氣，不然念佛是念佛，氣都沒有還能有聲音念，所以真正的實法就是要實際有利於眾生，那才是實法。不然都是說食充饑，數他珍寶。毫無意義。
簡略說：藥師琉璃光佛是實實在在幫助眾生安安穩穩的走在菩薩道上，具備一切資糧，沒有後顧之憂，這樣的菩薩，才能廣利眾生，而藥師琉璃光佛真正偉大殊勝，是他成佛就要讓眾生成佛。(無條件的只要眾生願意) 這樣的法門，是諸佛所贊歎的。是諸佛共願中最殊勝的別願，故有三世諸佛大願王，別願中最殊勝之大願王。之稱。
南無藥師會上佛菩薩
南無善名稱吉祥王如來
南無寶月智嚴光音自在王如來
南無金色寶光妙行成就如來
南無無憂最勝吉祥如來
南無法海雷音如來
南無法海勝慧游戲神通如來
南無藥師琉璃光如來
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
奉請：
宮毗羅大將 跋折羅大將
迷佉羅大將 安捺羅大將
安怛羅大將 摩涅羅大將
因陀羅大將 波異羅大將
摩呼羅大將 真達羅大將
招度羅大將 鼻羯羅大將
