癸卯年(一九六三)大師經過四年之久,講完一部楞嚴經之後,又應四眾之請,在中華佛教圖書館講金剛經,每周講一次。夏歷五月初十,金剛經講到第十七分,究竟無我,便停講了。這時大師感到身體疲憊、氣弱、胃呆、飲食減少。但無其他痛苦,每日對來探望的人,仍是談笑自如,風趣橫生。
俟請名西醫來檢查證明,據說:‘五髒很好,什麼病都沒有,有之,即是‘老病’,人老了,心髒機能減退,已不敢再予用針藥。’
六月十六日,大師命由九龍圖書館回荃灣弘法精捨,准備後事,嘗對大眾說:
‘人生如做戲,活著如是,死亦如是,現在我的戲演完了,該要煞戲了。’有時弟子等勸以服藥醫治,大師曰:‘藥能治病,而不能治命,人命以“無常”為定律,無常到來,誰也脫不過。我自己的生死,自己做得主,知道自己的去處。’並對門人等諸多咐囑,勉各自重。(詳見湛山倓虛大師示寂記——大光記)
夏歷六月廿二日下午二時,大師很清醒的摸了摸自己的脈搏說:‘脈已亂了,請你們把我扶起來,結跏趺坐,我要走了,’說著大師把腿盤起來,手結彌陀印,在大眾說法及念佛聲中,閉目觀心,很安祥的走了。這時門弟子們忽然省起,大師為什麼金剛經講到第十七分便停講,原來是預示‘究竟無我’,要入涅槃了。
六月廿三日,門人等在弘法精捨為大師啟建念佛七七四十九日,圓滿日荼毗,由筏可上座舉火,白雲缥缈,香聞數裡,是日參加儀式者數千人,香港政府華民政務司,特送花圈致意,開百余年來港府向僧人致祭之先例,俟撿拾靈骨獲捨利數千粒,骨花五大盤,光耀五色,燦爛晶瑩,靈骨安藏於九龍西貢山麓大澳門,湛山寺塔院內,捨利分由各方迎請建塔供養。