一九四O年十月二十七日，大師略示微疾。深以靈巖法席久懸為慮，遂於二十八日下午一時召集全山執事和居士等三十余人至關房，告曰：“靈巖主持，未可久懸。”提議妙真法師任靈巖主持，眾表贊同。初議十一月初九為升座之期，大師曰：“太遲了！”改選初四，大師曰：“亦遲了!”最後擇於初一，大師曰：“斯可矣。
十一月初一早起，精神甚佳，並討論接座儀式頗祥。因真達老和尚由上海趕來，故送座之事，由真老行之。來賓有叩關問疾者，一一與之周旋。是日略進飲食，入晚就寢。
初二早起，精神體力稍有不適。兩居士與本寺昌明師擬一方，吃藥後稍好，眠息二三小時。晚來眾為助念，安臥入睡。
初三日，早午均見良好，凡大小淨、便後洗手、佛前禮佛等尚能自理。在室外向日二次，食粥一碗。入晚，又進粥碗許，食畢，對真達老和尚及大眾開示雲：“淨土法門，別無奇特。但要懇切至誠，無不蒙佛接迎，帶業往生。”說畢，少頃，大便一次，尚不須人扶持。嗣後精神逐漸疲憊。十時後，脈搏微弱，體溫降低。
初四日早一時三十分，由床上起坐雲：“念佛見佛，決定生西。”言訖，即大聲念佛。二時二十五分，大師坐床邊索水洗手畢，起立說：“蒙阿彌陀佛接引，我要去了，大家要念佛、要發願、要生西方。”說完即坐椅上，端身正坐，口唇微動念佛。三時許，妙真和尚至，大師吩咐雲：“你要維持道場，你要 弘揚淨土，不要學大派頭。”自後即不再言語，只唇動念佛而已。延至五時，如入禅定，笑容宛然，在大眾念佛聲中，安詳示寂。
一九四一年二月十五佛涅槃日，大師示寂百日，舉火荼毗，得五色捨利百余顆，精圓瑩澈。又有大小捨利花及血捨利等，共一千余粒。
綜觀大師一生，絕意名利，淡泊自守，一心念佛，求生西方，可謂極為平常。然其對佛法之切實奉行，不遺余力，自行化他，終生不怠，有可謂極不平常也。對三寶的護持，對淨宗的貢獻，更非常人能及！後人尊為淨宗十三祖，可謂實至名歸也。創辦弘化社，流通淨宗法寶；興建靈巖山，樹立淨土宗風。此為大師畢生兩大事業，對近代佛教貢獻卓越，影響至今。所謂“念佛見佛，決定生西，”則可謂大師最後遺言，花落蓮成，微妙香潔，妙不可言！
南無阿彌陀佛！ 南無阿彌陀佛！ 南無阿彌陀佛！
頂禮印光大師！南無大勢至菩薩！南無大勢至菩薩！南無大勢至菩薩！
